La situación en torno a la independencia judicial es problemática en muchas provincias del país. En este capítulo se analizan en particular graves situaciones de dos de ellas: Neuquén y San Luis.
Respecto a Neuquén se da cuenta del modo en que, en 2003, el gobernador Jorge Sobisch designó a los cinco jueces del Superior Tribunal quienes, de acuerdo con la constitución provincial, son los encargados de designar a los magistrados inferiores. También se denuncia que el gobierno impulsó una serie de juicios políticos a funcionarios judiciales, entre los que se destaca el jurado de enjuiciamiento contra el fiscal Ricardo Mendaña, quien había acusado al gobernador de corrupción. Este caso demuestra una clara persecución política.
En cuanto a San Luis, se manifiesta que en 2005 la crisis de la justicia alcanzó su punto más grave. La expulsión, en 1998, de tres juezas independientes sin el debido proceso motivó una presentación ante la Comisión Interamericana de Derechos Humanos que tuvo que ser contestada por el Estado Nacional. Al mismo tiempo, la Corte Suprema de la Nación dictó un fallo que señalaba el pobre papel jugado por el Superior Tribunal de la provincia. Se señala que acontecimientos como los desarrollados manifiestan la necesidad de cambios profundos y, en este sentido, se destaca que el senado puede resultar un buen ámbito para impulsar reformas.
