Los riesgos y dificultades asociados al proceso de justicia constituyen oportunidades para que el Estado genere tejido institucional en las fuerzas de seguridad, en los organismos de inteligencia, en las Fuerzas Armadas y en la propia administración de justicia. Por esta razón, en 2007 se difundió un documento de trabajo destinado a fortalecer las políticas públicas de persecución penal de los crímenes de lesa humanidad. Partiendo de lo planteado en ese documento, en este capítulo se analizan las respuestas disímiles que desde el Poder Judicial, el Ministerio Fiscal y el Poder Ejecutivo se fueron dando a los desafíos abiertos por el proceso de justicia. Se destacan dos hitos históricos: las condenas al capellán Cristian von Wernich y a los máximos jerarcas de inteligencia del Ejército.
Se resalta también que, por un lado, la cantidad de procesados ha crecido significativamente y las fuerzas de seguridad han detenido a represores que intentaban burlar a la justicia pero que, por otro lado, la ausencia de una estrategia eficiente de persecución penal y la implementación de juicios extremadamente acotados son problemas que evidencian la necesidad de evaluar el papel que desempeñan las distintas instancias del Estado en el proceso de verdad y justicia.
Se tratan temas tales como la intervención del Ministerio Público Fiscal, las deudas del Poder Ejecutivo y el caso Tereso. Se incluye un anexo estadístico, donde se analiza la situación de las causas que investigan delitos de lesa humanidad en todo el país con el objetivo de acompañar el conjunto de elementos destacados como problemáticos a lo largo del capítulo.
