La definición de políticas de defensa, así como las cuestiones relacionadas con la organización y conducción de las Fuerzas Armadas (FFAA) son tareas que, desde el retorno democrático, han quedado en manos de las propias fuerzas. Esto constituye una limitación del sistema político que debe ser resuelta para lograr un efectivo control civil de las FFAA.
El cambio de autoridades del Ministerio de Defensa en 2005 coincidió con un cambio de modalidad en su dirección, con consecuencias alentadoras. Sin embargo, no ha dejado de haber algunas tensiones en esta área.
En este capítulo se analiza, por un lado, la denuncia por actividades de inteligencia ilegal en la Base Almirante Zar. Este caso sirvió como disparador de una serie de medidas tendientes a dejar atrás los resabios de la Doctrina de Seguridad Nacional y lograr un efectivo control civil sobre las FFAA. También demostró la existencia de una nueva generación de militares que privilegian su condición de ciudadano por sobre la de militar.
Por otro lado, se evalúan las reformas políticas del Ministerio de Defensa que contribuyen al avance del control civil, entre ellas, la reglamentación de la Ley de Defensa Nacional, el estudio del sistema de justicia militar, la ampliación del derecho de libre acceso a la información y la conducción efectiva por parte del ministerio de todo el Sistema de Inteligencia Militar y de la formulación de la inteligencia estratégica.
