Las relaciones cívico-militares son un factor importante para evaluar las transiciones democráticas de países que atravesaron dictaduras. En este sentido, en Argentina, se observa que aún prevalecen algunos aspectos del funcionamiento de las Fuerzas Armadas (FFAA) que se mantienen al margen del control civil y que deben encarar reformas. El avance en el juzgamiento de los crímenes de la dictadura proporciona un escenario favorecedor para discutir estos aspectos.
En este capítulo se analizan las cuestiones vinculadas a la organización militar que fueron objeto de debate durante 2005. Se desarrolla la polémica desatada a partir de las declaraciones del monseñor Antonio Juan Baseotto, que condujeron a una fuerte discusión sobre la vicaría castrense. Asimismo, se señala la necesidad de realizar reformas en el interior de las FFAA y, en relación con esto, se reflexiona sobre el Código de Justicia Militar y sobre los Tribunales de Honor.
También se repasa la controversia generada por declaraciones de familiares de integrantes de la fuerza y se señala la inaplicabilidad del régimen disciplinario militar en estos casos. Por último, se da cuenta de los nuevos ámbitos de discusión sobre defensa nacional y relaciones entre civiles y militares que se crearon durante el año.